Marraskuun lopussa 1899 Lucina Hagman osti lainavaroilla Kruununhaasta Kirkkokadun varrelta talon no 12. Siellä koulu saattoi aloittaa toisen lukuvuotensa syksyllä 1900. Sinne mahtuivat koulun kaikki neljä luokkaa, voimistelutunnit tosin jouduttiin pitämään vapaapalokunnan talossa.
Sisällissodan jälkeen alkoi Helsingissä oppikouluihin pyrkiä yhä enemmän oppilaita. Tilanpuutteen takia suuri joukko halukkaita oli jätettävä ulkopuolelle. Koulussa surtiin sitä, että joukoittain kouluun pyrkijöitä oli sananmukaisesti jätettävä kadulle. Syynä koulunkäynti- innostukseen katsottiin olleen eri kansalaisryhmien tarpeen hakea turvaa levottomina aikoina.
Toisen maailmansodan aika merkitsi koululaisille lyhennettyjä lukukausia, tiivistettyjä oppimääriä, lukion poikien poissaoloja ja erilaisia käytännöllisiä töitä opiskelun ohella. Koulunkäynti keskeytyi ensimmäisen kerran lokakuun 12. päivänä 1939. Moskovassa käytyjen neuvottelujen päätyttyä tuloksettomina ja vaara ohi-mielialan saatua vallan koulunkäynti alkoi uudelleen marraskuun 24. päivänä. Koulut suljettiin uudelleen marraskuun 30. päivänä, talvisodan alettua. Koulunkäyntiä ei enää jatkettu koko talven eikä kevään kuluessa, vaikka sota päättyi maaliskuussa 1940. Helsingin Uuden yhteiskoulun tilat olivat tuolloin sotilaskäytössä, aluksi sotilaiden vastaanottopaikkana ja myöhemmin sotaväen majoitustiloina.
Keväällä 1964 Helsingin Uuden yhteiskoulun johtokunnassa todettiin, että koulu ei todennäköisesti saisi tonttia Kruununhaasta. Neuvottelut valtion kanssa olivat päättyneet tuloksettomina. Vuokra-aikaa silloisissa tiloissa oli jäljellä enää kuusi vuotta. Tuolloin johtokunta velvoitti puheenjohtajansa ja rehtorin selvittämään, mitä mahdollisuuksia koululla olisi siirtyä Pihlajamäkeen. Helsingin kaupunki oli varannut sinne tontin oppikoulua varten kansakoulun naapurialueelle. Neuvotteluihin ja suunnitteluun tuli mukaan myös vuonna 1962 perustettu Pihlajamäen Oppikouluyhdistys. Se tuli myöhemmin yhdeksi koulun omistajista saatuaan haltuunsa kolmanneksen kouluyhtiön osakkeista, ja sen edustaja alkoi osallistua johtokunnan työskentelyyn. Saman vuoden lokakuussa Helsingin Uusi yhteiskoulu Osakeyhtiön yhtiökokous päätti lopullisesti koulun siirtämisestä Pihlajamäkeen.
Helsingin kaupunki ja Helsingin Uusi yhteiskoulu tekivät kesällä 1965 vuokrasopimuksen Rapakiventie 6:n (nykyään 18) tontista. Siitä ei kuitenkaan peritä vuokraa niin kauan kuin tonttia käytetään koulutarkoitukseen. Oman koulutalon valmistuttua lokakuussa 1967 koko koulun toiminta siirtyi Pihlajamäkeen. Kahden uuden koulurakennuksen myötä tilat kasvoivat lähes nelinkertaisiksi entiseen verrattuna. A-taloon sijoitettiin luokkahuoneitten lisäksi opettajainhuone ja kansliatilat sekä kirjasto lukusaleineen ja takka ala-aulaan. B-taloon puolestaan saatiin musiikki- ja piirustusluokkien lisäksi voimistelujuhlasali sekä kouluruokala.
Peruskoulu-uudistus tuli Helsingissä ajankohtaiseksi 1970-luvun puolivälissä. Joulukuussa 1976 kaupunginvaltuusto antoi Helsingin Uudelle yhteiskoululle pysyvän tehtävän peruskoulua korvaavana kouluna sekä oman koulupiirin. Siirryttäessä peruskoulujärjestelmään elokuun alussa 1977 koulun omistussuhteet siis pysyivät entisellään. Helsingin Uusi yhteiskoulu oli yksi niistä 18 yksityisestä koulusta, jotka Helsingissä saivat korvaavan koulun aseman.
Lukuvuoden 1982 alusta lukiossa otettiin käyttöön kurssimuotoinen lukusuunnitelma. Silloin myös koko koulu siirtyi jaksojärjestelmään, jossa lukuvuosi jaettiin kuuteen noin kuuden viikon pituiseen jaksoon.
Koulun omistustaustassa tapahtui muutos, kun Pihlajamäen Oppikouluyhdistys ry. lakkautettiin ja tilalle perustettiin Helsingin Uuden yhteiskoulun säätiö toukokuussa 1986.
Kevätlukukauden 1988 alkaessa pitkään jatkunut tilanahtaus helpottui, kun käyttöön saatiin uusi lisärakennus. Tässä C-talossa on tavallisten luokkahuoneitten lisäksi terveydenhoitotilat, ATK-luokka, auditorio sekä oppilaiden taukotila.
Syksyllä 1997 otettiin käyttöön 90 minuutin yhtenäiset oppitunnit ja ns. "block scheduling"-menetelmään perustuva, Suomen oloihin muunnettu tuntikaavio.
Syksyllä 1999 perustettiin lukioon kirjallisuuslinja, jonka oppilasvalinnoissa saatiin käyttää uuden lain nojalla poikkeavaa oppilasvalintaa. Äidinkielen ja kirjallisuuden arvosanaa painotettiin valinnassa voimakkaasti.Koulun ohi kulkeva tie nimettiin Lucina Hagmanin poluksi koulumme perustajan kunniaksi.
Syksyllä 2005 aloitti lukiossa kristillinen linja, jonka suunnittelu oli tehty yhteistyössä Helsingin Kristillisen koulun kanssa. Opiskelijoille tarjotttiin enemmän uskonnon kursseja ja yhteinen produktio HKK:n oppilaiden kanssa. Opiskelijoiden vähäisyyden vuoksi linja lopetettiin vuonna 2008.
Kesällä 2008 rakennettiin kouluun johtava katu ja viralliseksi osoiteeksi tuli Lucina Hagmanin kuja 4. Syksyllä 2009 aloitettiin lukiossa kuvataidelinja, jolla opetetaan laaja valikoima kuvataiteen syventäviä lukiokursseja ja suoritetaan kuvataiteen lukiodiplomi. Linjasta tuli nopeasti suosittu ja opiskelijoiden taso oli hyvä.
Syksyllä 2009 perustettiin kouluumme kasvatusohjaajan toimi. Kasvatusohjaaja huolehtii parkkitoiminnasta ja koordinoi välituntiaktiviteetteja.